(Buenos Aires).- Las principales herramientas para la detección de agentes infecciosos son la PCR en tiempo real (qPCR) y los métodos basados en anticuerpos, sin embargo, estas tecnologías se focalizan en un número limitado de targets y a veces pueden sufrir una baja en la sensibilidad del ensayo y resultados falsos negativos. Por otro lado, estos métodos la única información que dan es un diagnóstico positivo o negativo.
El panel CleanPlex® SARS-CoV-2 Research and Surveillance, compatible con la química de Secuenciación de Nueva Generación (NGS) de Illumina, es una solución rápida, robusta y versátil que permite tanto la identificación de SARS-CoV-2 como la vigilancia activa de la variabilidad genética adquirida por este virus a través de la ganancia de mutaciones.
Este panel fue diseñado por Paragon Genomics a partir del genoma de referencia MN908947 (NC_045512.2) y cuenta con la tecnología CleanPlex® que combina un avanzado algoritmo para el diseño de primers para reacciones de PCR altamente multiplexadas (primers for Highly-Multiplexing PCR) junto con una innovadora química de limpieza (Background cleaning) que remueve productos de PCR inespecíficos, permitiendo una alta uniformidad de cobertura y en consecuencia una secuenciación más rentable (allows for more cost-effective sequencing)
El panel CleanPlex® SARS-CoV-2 genera datos muy precisos a partir de una cantidad mínima de RNA y un flujo de trabajo rápido y simple que costa solo de 4 pasos: 1. Síntesis de cDNA; 2. Amplificación del target; 3. Limpieza (Background cleaning); 4. Indexación y Amplificación. La preparación de librerías requiere un tiempo total de 5,5 horas, con solo 1 hora de trabajo en mesada. (Figura 1)
Figura 1. CleanPlex: Flujo de trabajo para el enriquecimiento dirigido y la preparación de bibliotecas compatibles con los secuenciadores Illumina.
El panel CleanPlex® SARS-CoV-2 cuenta con 343 amplicones dividido en 2 pooles de 172 amplicones cada uno, que cubren específicamente el genoma de la familia de COVID -19. Cada pool está validado para poder confirmar o detectar al virus en etapas muy tempranas de la infección, incluso con 1 sola copia virus.
Debido a que los paneles de CleanPlex® presentan una alta uniformidad de cobertura, con tan solo 0,2 Millones de lecturas por muestra se puede obtener el genoma entero del virus para ser utilizado en estudios de monitoreo de mutaciones y análisis filogenético.
BioSystems S.A. es representante exclusivo en Argentina y Uruguay de Sophia Genetics que tiene un acuerdo comercial con Paragon Genomics que permite ofrecer ese panel de secuenciación.
Para más información visitanos en www.biosystems.com.ar
Envianos tu consulta a
Seguínos en las redes sociales!
Fuente: Diagnostics News
